基于PacBio平台的全长转录组测序

被引：55

作者：

任毅鹏 ^{[1
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张佳庆 ^{[1
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孙瑜 ^{[1
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吴振峰 ^{[2
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阮吉寿 ^{[2
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贺秉军 ^{[1
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刘国卿 ^{[1
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高山 ^{[1
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卜文俊 ^{[1
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机构：

[1] 南开大学生命科学学院

[2] 南开大学数学科学学院

来源：

科学通报 | 2016年 / 61卷 / 11期

关键词：

全长转录组; 单分子测序; Pac Bio; 质量控制; 标准流程;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q78 [基因工程（遗传工程）];

学科分类号：

071007 [遗传学];

摘要：

当前,绝大多数的转录组数据都是基于以Illumina平台为代表的第二代高通量测序技术获得的,但是第二代测序技术无法提供大量的长转录本并且丢失可变剪接等重要信息,因而大大制约了转录组数据的深度利用.通过以PacBio为代表的第三代测序技术,可以获得更长乃至全长转录组,但由于Pac Bio转录组测序近几年才刚兴起,只有少量的物种基于PacBio平台获得了转录组.PacBio全长转录组测序,在国际上才刚开展但发展很快,其实验与数据分析标准和质量控制方面的研究对于未来的大规模应用至关重要.本研究在国际上首次尝试依据PacBio平台最新试剂(P6/C4)优化实验参数,设计质量控制指标并使全长转录组测序标准化.本文基于一组昆虫(麻皮椿)全长转录组数据,对已取得的部分结果进行报告.

引用

页码：1250 / 1254

页数：5

共 3 条

[1]

Full-length transcriptome sequences and splice variants obtained by a combination of sequencing platforms applied to different root tissues of Salvia miltiorrhiza and tanshinone biosynthesis [J].