基于组合核的蛋白质交互关系抽取

被引:7
作者
李丽双
刘洋
黄德根
机构
[1] 大连理工大学计算机学院
关键词
蛋白质交互关系抽取; SVM; 树核; 组合核; 修剪策略;
D O I
暂无
中图分类号
TP18 [人工智能理论];
学科分类号
081104 ; 0812 ; 0835 ; 1405 ;
摘要
蛋白质交互关系(PPI)抽取是生物医学信息抽取领域的一个重要部分,具有很高的应用价值和实际意义。该文使用一种基于SVM的组合核方法进行蛋白质关系抽取,将基于特征的平面核和基于结构的卷积树核组合。一棵完整的句法解析树中包含了较多噪声,需对其修剪以提高PPI抽取效果。首先讨论不同的树的剪裁策略对实验结果的影响,分别使用完全树、最小完全树、最小树和最短路径闭包树进行实验,最短路径闭包树效果最好;然后在最短路径闭包树的基础上提出一种动态拓展树,该树取得了明显优于其他解析树的效果。最后基于组合核在AIMED上进行10倍交叉实验,精确率、召回率和F值分别达到了82.40%、51.30%和63.23%。
引用
收藏
页码:86 / 92+128 +128
页数:8
相关论文
共 10 条
[1]  
Covolution kernels for naturallanguage. Collins M,Duffy N. NIPS’’2001 . 2001
[2]   依存信息在蛋白质关系抽取中的作用 [J].
刘兵 ;
钱龙华 ;
徐华 ;
周国栋 .
中文信息学报, 2011, (02) :21-26
[3]  
指代消解关键问题研究[D]. 孔芳.苏州大学 2009
[4]  
Integrating co-occurrence statistics with information extraction for robust retrieval of protein interactions from MEDLINE. Bunescu R,Mooney R,Ramani A. Proceedings of the BioNLP Workshop on Linking Natural Language Processing and Biology at HLT-NAACL . 2006
[5]  
A shortest path dependency kernel for relation extraction. Bunescu R C,Mooney R J. Proc. Human Language Technology and Empirical Methods in Natural Language Processing . 2005
[6]  
A Composite Kernel toExtract Relations Between Entities with both Flat and StructuredFeatures. Zhang Min,Zhang Jie,Su Jian,et al. Proc.of Association for Computational Linguistics . 2006
[7]  
Generating Typed Dependency Parses from Phrase Structure Parses. De Marneffe M C,MacCartney B,Manning C D. Proceedings of the IEEE / ACL 2006Workshop on Spoken Language Technology . 2006
[8]  
Multiple kernel learning in protein-protein interaction extraction from biomedical literature. Zhihao Yang,Nan Tang,Xiao Zhang,Hongfei Lin,Yanpeng Li,Zhiwei Yang. Artifical Intelligence in Medicine . 2010
[9]  
ExploitingConstituent Dependencies for Tree Kernel-based SemanticRelation Extraction. Qian Longhua,Zhou Guodong,Zhu Qiaoming,et al. Proc.of Conference on ComputationalLinguistics . 2008
[10]  
A Graph for Pro-tein-Protein Interaction Extraction. Airola A,Pyysalo S,Bjne J,et al. Proceedings ofBioNLP . 2008