三疣梭子蟹的消化道分前肠、中肠和后肠,前后肠起源于外胚层,腔内有角质衬里,中肠起源于内胚层,腔内无角质层。消化管壁均由上皮层、结缔组织层、肌肉层和外膜组成。前肠包括口腔、食道和胃,食道壁内褶形成食道嵴,食道嵴的折叠程度以及食道放射肌的排列密度随幼体发育而增加。胃的结构复杂,其内的角质层特化成前部的胃磨和后部的腺滤器。胃磨、腺滤器、贲门胃和幽门胃之间的比例以及贲门-幽门瓣在幼体发育过程中变化明显。中肠的前端背面有一对前盲囊管,沿胃的背面向前延伸,在发育上有长度的变化。中肠后端背面发出一支后盲囊管,在Z2形成,随后逐渐延长并发生弯曲。后肠始于腹部第二节,在蚤状幼体时最长可达中肠的两倍多,大眼幼体后随着腹部的退化而明显缩短。