扩增子测序结合高分辨率溶解曲线鉴定花生单核苷酸多态

被引：5

作者：

李杏瑜 ^{[1
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刘颖 ^{[1
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朱方何 ^{[1
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洪彦彬 ^{[1
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刘洪 ^{[4
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陈小平 ^{[1
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李海芬 ^{[1
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梁炫强 ^{[1
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机构：

[1] 广东省农业科学院作物研究所

[2] 国家油料作物改良中心南方花生分中心

[3] 广东省农作物遗传改良重点实验室

[4] 华南农业大学农学院

来源：

分子植物育种 | 2015年 / 13卷 / 09期

基金：

广东省自然科学基金;

关键词：

花生; 单核苷酸多态; 扩增子; 高分辨率溶解曲线;

D O I：

10.13271/j.mpb.013.001970

中图分类号：

S565.2 [花生];

学科分类号：

0901 ;

摘要：

异源四倍体花生(Arachis hypogaea L.)包含两套基因组,分别来自二倍体祖先A.duranensis(A基因组)和A.ipaensis(B基因组)。相对于二倍体,异源四倍体SNP的鉴定和分析面临更多挑战,因为在SNP的鉴定和分析过程中,通常需要同时分析两套基因组中相同位点的DNA序列。本研究以12个花生品种和2个二倍体祖先为材料,通过扩增子重测序EST和GSS(各100条序列)开发SNP。结果显示共检测出18个EST-SNPs和44个genomic-SNPs,出现频率分别为1 SNP/2 557 bp和1 SNP/1 011 bp。为了进一步评估和应用所开发的SNP,采用高分辨率溶解曲线方法对96个花生品种进行SNP基因分型。EST-SNP在供试品种中的多态性信息量介于0.021～0.413,平均为0.172。Genomic-SNP的多态性信息量介于0.08～0.478,平均为0.249。本研究表明采用扩增子测序和HRM方法能够从异源四倍体花生中准确鉴定SNP,且所开发的SNP信息量丰富,能够用于花生遗传育种研究。

引用

页码：1970 / 1979

页数：10

共 5 条

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