采用随机扩增多态性DNA(RAPD)对采自长江三峡库区丰都(FD)、巫溪(WX)、巫山(WS)、巴东(BD)、兴山(XS)、秭归(zG)6个自然居群的128份裸芸香(Psilopeganum sinense)样品进行了基因组DNA多态性分析。用13条引物,共扩增出85条谱带,其中57条多态带,多态位点占67.06%。6个居群的多态位点比率分别为25.97%(FD)、29.73%(WX)、24.32%(WS)、43.21%(BD)、30.26%(XS)、39.19%(ZG)。用POPGENE 1.31版和NTSYS 2.10版软件对数据进行分析,结果显示:裸芸香具有较高的遗传多样性,居群总的Nei's基因多样性为0.2082,总Shannon信息多样性指数为0.3196;但各个居群内部遗传多样性较低,居群内平均Nei's基因多样性为0.1094,平均Shannon信息多样性指数为0.1641;居群间的基因分化系数Gst=0.5391,基因流Nm=0.4275,居群间基因分化大于居群内基因分化,居群间的基因交流相当少。UPGMA聚类可将6个居群分为两大类:丰都居群和以巴东居群为地理中心呈星散状分布的其他5个居群。居群间的遗传距离与地理距离呈显著正相关(r=0.93094,P=0.9861)。最后我们初步探讨了裸芸香的濒危原因,并提出了有效保护该物种的措施。