磷化氢诱导下赤拟谷盗实时定量PCR内参基因的筛选

被引：15

作者：

刘金泊

欧静

姚富姣

何磊

奚耕思

魏朝明

机构：

[1] 陕西师范大学生命科学学院

来源：

农业生物技术学报 | 2014年 / 22卷 / 02期

关键词：

赤拟谷盗; 内参基因; qRT-PCR; geNorm; NormFinder;

D O I：

暂无

中图分类号：

S379.5 [防潮、防霉处理，防虫、防鼠、防火];

学科分类号：

摘要：

实时定量RT-PCR(qRT-PCR)是进行基因表达水平分析的一种常用技术手段,而选择相对稳定的内参基因对数据进行标准化是获得可信数据的关键。本研究使用qRT-PCR技术评价8个内参基因—β-actin、GAPDH、α-Tubulin、SYN1、SYN6、RPS3、RPS18和RPL13a在磷化氢诱导后的不同品系赤拟谷盗(Tribolium castaneum)中的表达水平,采用相对定量方法并分别使用geNorm和NormFinder程序进行数据分析。其中经geNorm软件分析的8个内参基因的稳定性由高到低排列顺序为RPS18=RPL13a(0.007)>SYN6(0.015)>RPS3(0.038)>β-actin(0.044)>α-Tubulin(0.105)>SYN1(0.154)>GAPDH(0.205),且内参基因配对差异值V2/3值为0.006,从而确定内参基因的最适数目为2个,分别为RPS18和RPL13a。NormFinder与geNorm相似,其运行结果以稳定值的大小排序,经NormFinder分析的各内参基因的稳定性由高到低的排列顺序为RPS18(0.002)>RPL13a(0.016)>β-actin(0.042)>RPS3(0.044)>SYN6(0.055)>α-Tubulin(0.066)>SYN1(0.077)>GAPDH(0.126),由此得出RPS18的稳定性最高,最终由该程序判定的最佳组合是RPS18和RPL13a。因此,geNorm和NormFinder两款软件的分析结果一致,最终确定相对适合的内参基因有两个:RPS18和RPL13a,该结果为赤拟谷盗基因的表达研究提供了基础资料,也为其他昆虫内参基因的筛选提供参考。

引用

页码：257 / 264

页数：8

共 14 条

[1] 牡丹实时定量PCR分析中内参基因的选择
王彦杰
董丽
张超
王晓庆
[J]. 农业生物技术学报, 2012, 20 (05) : 521 - 528
[2] 小麦条锈菌实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择
黄雪玲
冯浩
康振生
[J]. 农业生物技术学报, 2012, 20 (02) : 181 - 187
[3] 赤拟谷盗磷化氢抗性及快速测定方法研究
曹阳
张建军
[J]. 粮食储藏, 2000, (01) : 10 - 16
[4] Evaluation of potential reference genes for reverse transcription-qPCR studies of physiological responses in Drosophila melanogaster
Ponton, Fleur
Chapuis, Marie-Pierre
Pernice, Mathieu
Sword, Gregory A.
Simpson, Stephen J.
[J]. JOURNAL OF INSECT PHYSIOLOGY, 2011, 57 (06) : 840 - 850
[5] Two conserved Z9-octadecanoic acid desaturases in the red flour beetle, Tribolium castaneum[J] . Irene Horne,Nerida Gibb,Katherine Damcevski,Karen Glover,Victoria S. Haritos.Gene . 2010 (1)
[6] How to do successful gene expression analysis using real-time PCR[J] . Stefaan Derveaux,Jo Vandesompele,Jan Hellemans.Methods . 2009 (4)
[7] Evaluation of quantitative PCR reference genes for gene expression studies in Tribolium castaneum after fungal challenge[J] . Jeffrey C. Lord,Kris Hartzer,Michelle Toutges,Brenda Oppert.Journal of Microbiological Methods . 2009 (2)
[8] Real-time RT-PCR quantification of Kuruma shrimp transcripts: A comparison of relative and absolute quantification procedures[J] . Melony J. Sellars,Tony Vuocolo,Lisa A. Leeton,Greg J. Coman,Bernard M. Degnan,Nigel P. Preston.Journal of Biotechnology . 2007 (3)
[9] Beetle immunity: Identification of immune-inducible genes from the model insect Tribolium castaneum[J] . Boran Altincicek,Eileen Knorr,Andreas Vilcinskas.Developmental and Comparative Immunology . 2007 (5)
[10] DNA and RNA references for qRT-PCR assays in exfoliated cervical cells
Steinau, M
Rajeevan, MS
Unger, ER
[J]. JOURNAL OF MOLECULAR DIAGNOSTICS, 2006, 8 (01) : 113 - 118

← 1 2 →