制度分析的首创者在不同学科的方法论特点是不同的,亚里士多德、凡勃伦和康芒斯都是从方法论整体主义出发的,韦伯则从方法论个体主义出发。近代以来,方法论个体主义在西方制度分析中占了主导地位,原因主要是方法论个体主义符合西方社会的科学研究传统和人文主义思潮,反映了资本主义私有制度的内在要求,同时又具有一定的合理性,为西方社会科学界的发展做出了贡献。方法论个体主义与价值观个人主义是两个不同的范畴,但西方学界的方法论个体主义又确实容易走向价值观个人主义。马克思主义的制度分析方法与西方制度主义是可以兼容的,体现了个体与整体的统一。与西方制度主义不同的地方是,马克思主义的制度分析方法坚持了价值观集体主义。