用生物信息学技术构建cSSR分子标记开发体系

被引：9

作者：

汤继凤

曹永生

高丽锋

贾继增

机构：

[1] 中国农业科学院作物品种资源研究所重点实验室,中国农业科学院作物品种资源研究所重点实验室,中国农业科学院作物品种资源研究所重点实验室,中国农业科学院作物品种资源研究所重点实验室北京,北京,北京,北京

来源：

中国农业科学 | 2004年 / 03期

关键词：

cSSR; EST-SSR; 精确cSSR; 复合型cSSR; 遗传图谱; 小麦;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q78 [基因工程（遗传工程）];

学科分类号：

071007 ; 0836 ; 090102 ;

摘要：

存在于基因编码区的简单重复序列(又称cSSR或者EST-SSR),既可用作分子标记又可用于基因功能研究。Internet上大量的EST数据为cSSR标记的开发提供了丰富的资源。生物信息学是cSSR分子标记开发的有力工具。笔者构建的cSSR分子标记开发体系包括自行编制的SSR标记发掘程序SSRFinder,生物学家常用的引物设计程序Primer3和DNAstar, 以及遗传定位程序MapMaker和图形显示程序JgeneMap。根据SSR分子标记发掘中存在的问题,提出了SSR分子标记发掘算法,并用此算法编写了程序SSRFinder。利用该程序不但可以从大量的EST序列中发掘cSSR标记,还能比较准确地进行统计和分析。JgeneMap完善了GeneMap的图形显示功能,增加了图片保存及调整图片大小和字体类型、大小的功能,具有友好的用户图形界面。用此体系已从小麦的37 270条EST中挖掘了1228个精确cSSR(perfect cSSR) 和875个复合型cSSR(compound cSSR);根据1228个精确cSSR标记序列成功设计了597对引物,其中478对为有效扩增引物,在小麦遗传图谱上已经定位了66个标记。

引用

页码：328 / 332

页数：5

共 6 条

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