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PHGA-COFFEE:多序列比对问题的并行混合遗传算法求解
被引：11
作者：
刘立芳
霍红卫
王宝树
机构：
[1] 西安电子科技大学计算机学院
来源：
关键词：
生物信息学;
多序列比对;
并行混合遗传算法;
动态规划;
D O I：
暂无
中图分类号：
TP18 [人工智能理论];
学科分类号：
081104 ;
0812 ;
0835 ;
1405 ;
摘要：
设计了一个求解多序列比对问题的并行混合遗传算法(与之相应的软件称为PHGACOFFEE).该算法采用COFFEE函数作为个体的适应度函数,构造了六种遗传算子,特别是设计了两种新颖的变异算子,其中一种变异算子基于COFFEE的一致性信息设计,以改善算法的整体搜索能力.另一种变异算子基于动态规划方法设计,以增强其局部搜索能力.通过对BAliBASE中144个测试例的测试,证明该算法是有效的.与已有的算法相比,该算法对处于朦胧区和具有N/C末端延伸的序列比对问题有更强的问题求解能力.同时通过对算法并行化,其运行时间显著缩短.
引用
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页码：727 / 733
页数：7
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