H5N1亚型禽流感病毒A/duck/Shandong/093/2004株的全基因克隆及序列分析

应用流感病毒通用引物[4]和H5N1亚型禽流感（Avian influenza virus,AIV）的型特异性引物,成功的扩增出H5N1亚型禽流感病毒A/duck/Shandong/093/2004株（简称A/D/SD/04）的全基因序列（包括5′和3′端的非编码区序列）。A/D/SD/04的基因组核苷酸全序列与18株网上公布的禽流感基因序列进行比较和分析,结果与4株鸭源H5N1的5～7个基因具99%以上的同源性;与14株H5N1有至少一个以上内部基因同源性在95%以上。与H9亚型AIV代表株A/Quail/Hongkong/G1/97（简称G1株）和A/Chicken/Beijing/1/94（简称BJ94）比较,除了非结构基因（Nonstructural gene,NS）与G1株的同源性为95.3%外,其余基因均在36.6%92.1%之间。说明A/D/SD/04没有H9N2基因的直接整合,是H5N1毒株在自然界的重组株。推导的HA氨基酸序列分析,A/D/SD/04的血凝素（Heamgglutinin,HA）裂解位点与比较的16株AIV的序列一致,是高致病性禽流感的分子特征（PQRERRRKKR/G）,第226位氨基酸是对禽类和哺乳细胞均具有亲嗜性的蛋氨酸（Met）。神经氨酸酶（Neuraminidase,NA）在第48位氨基酸（颈部）后有20个氨基酸的缺失,但非结构蛋白（NS）没有在79～84氨基酸发生缺失。碱性聚合酶2（PB2）的627位氨基酸是亲禽类细胞的谷氨酸（Glu,E）。结合生物学特性和分子特征,A/D/SD/04对小鼠的致病力是由多种因素决定,其可能是一株对鸡高度致病,并逐渐获得对哺乳动物致病能力的中间重组病毒。