合芜蚌自主创新综合配套改革试验区建设由"自主创新"和"综合配套改革试验"两部分有内在联系的内容组成。综合配套改革成功的保障是"试验",以自主创新为突破点实现安徽的跨越发展是目标。因此,综合配套改革对自主创新试验区建设发挥着保障作用。但是,由于存在着中央政府和地方政府的目标差异、地方政府官员对改革带来的政治风险的规避等原因导致了综合配套改革的动力不足,使得试验区的工作重点还在自主创新,而综合配套改革还有待于进一步推动。这种状况如果长期存在,就不能实现综合配套改革试验的目标。为此,提出协调中央政府与地方政府的目标差异、完善官员评价和遴选机制等政策建议。