银杉结实量的年际波动很大,具有明显的大小年之分,一般在2~3个小年之后为1~2个大年。银杉母株的结实量在不同的母树间差别很大,平均单株的球果数仅为66个。球果结实量在树冠南北侧有差异,南侧球果数占球果总数的60%;球果结实量的垂直分异明显,树冠中、上部的球果数占总量的90%以上。松鼠对树上尚未完全成熟的银杉果实的取食危害是长期性的,对银杉种子种群造成严重破坏。以1995年为例,被啃食的球果数占球果总数的比重可达15%左右。试验表明,土壤种子库中地表的银杉种子几乎全部被动物取食,种子埋藏深度增加有利于逃避动物的取食。