求解蛋白质折叠问题的模拟退火算法

被引:3
作者
陈矛
黄文奇
吕志鹏
机构
[1] 华中科技大学计算机学院
关键词
蛋白质折叠问题; AB非格点模型; NP难度;
D O I
暂无
中图分类号
TP301.6 [算法理论];
学科分类号
摘要
通过构造新的数学模型,把三维AB模型的蛋白质折叠问题由一个带约束的优化问题转化为无约束优化问题,然后提出一个模拟退火算法.对如何得到初始构形,提出了一个启发式策略.实算结果表明,本文算法效率较高,对四条氨基酸测试序列,本文算法得到的最低能量都要优于nPERM算法得到的结果.
引用
收藏
页码:75 / 78
页数:4
相关论文
共 6 条
[1]   求解Packing问题的拟物方法 [J].
黄文奇 ;
詹叔浩 .
应用数学学报, 1979, (02) :176-180
[2]  
Personification algorithm for protein folding problem: Improvements in PERM[J] . Wenqi Huang,Zhipeng Lü.Chinese Science Bulletin . 2004 (19)
[3]  
A Dynamical Approach to Protein Folding[J] . A. Torcini,R. Livi,A. Politi.Journal of Biological Physics . 2001 (2)
[4]  
Two personification strategies for solving circles packing problem[J] . Wenqi Huang,Ruchu Xu.Science in China Series E: Technological Sciences . 1999 (6)
[5]  
Theory for the folding and stability of globular proteins. Dill K A. Biochemistry . 1985
[6]  
Principles of protein folding-a per-spective from simple exact models. Dill K A,Bromberg S,Yue K. Protein Science . 1995