采用ISSR分子标记技术对江西、湖南、四川3个枳壳道地产区的主流品种进行遗传多样性分析,为筛选优良品种提供参考。15个引物共扩增114个位点,其中多态性位点108个,多态位点百分率为94.73%;观测等位基因数(Na)1.9467,有效等位基因数(Ne)1.5740;Ne i’s基因多样性(He)33.15%;Shannon’s信息指数(I)0.490 7;UPGMA聚类分析可将所有样品分为4类。枳壳具有较高的遗传多样性,其遗传变异主要存在于不同的品种间;聚类结果与传统的外观形态鉴别分类具有一致性;在进行优良品种选育时,应加强不同品种之间的基因交流,以提高种质的质量。