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基于上下文环境和句法分析的蛋白质关系抽取
被引:9
作者
:
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王健
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机构:
冀明辉
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林鸿飞
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机构:
杨志豪
机构
:
[1]
大连理工大学计算机科学与技术学院
来源
:
计算机应用
|
2012年
/ 32卷
/ 04期
基金
:
高等学校博士学科点专项科研基金;
教育部留学回国人员科研启动基金;
关键词
:
信息抽取;
自然语言处理;
蛋白质关系抽取;
特征;
支持向量机;
D O I
:
暂无
中图分类号
:
TP391.1 [文字信息处理];
学科分类号
:
120506
[数字人文]
;
摘要
:
针对蛋白质交互作用关系(PPI)抽取方法中特征利用的片面性问题,提出了一种从上下文环境和句法结构中抽取特征的方法。该方法抽取词法特征、位置特征、距离特征、依存句法特征和深层句法特征等丰富特征构成特征集,并且使用支持向量机(SVM)分类器进行PPI抽取。方法在5个公开的PPI语料上进行了评估。实验结果表明,丰富特征有效地利用了更为全面的信息,避免丢失重要特征的危险,得到了较好的PPI抽取性能。即在AImed语料上的实验取得了59.2%的F值和85.6%的曲线下面积(AUC)值。
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页码:1074 / 1077
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[1]
Protein–protein interaction extraction by leveraging multiple kernels and parsers.[J]..International Journal of Medical Informatics.2009, 12
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Zanzoni, A
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Univ Roma Tor Vergata, Dept Biol, I-00133 Rome, Italy
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Cesareni, G
.
FEBS LETTERS,
2002,
513
(01)
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[1]
Protein–protein interaction extraction by leveraging multiple kernels and parsers.[J]..International Journal of Medical Informatics.2009, 12
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FEBS LETTERS,
2002,
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