基于基因序列聚类的甲型流行性感冒病毒H3抗原变异规律研究

目的 利用聚类分析方法探讨全球甲型流行性感冒病毒(流感)H3亚型抗原的变异规律。方法下载NCBI GenBank和流感病毒数据库中全部的甲型流感病毒RNA4节段H3亚型基因序列,在Clustalx中进行序列对齐后,使用两阶段聚类法进行分析,并随后探讨各类的三间分布。结果 所有序列可被分为10类,其中7类主要为人流感病毒,人流感病毒和鸟类、其他哺乳动物的流感病毒被明确的分为不同类别,但和猪流感病毒则共存于数个类中。各类呈现出明显的时间分布和宿主分布规律,但并未发现地域分布规律。结论 由于受到人类免疫系统的选择压力,H3抗原呈现出5-7年出现一次较大变异的流行特征,且这一趋势随着近十年来流感疫苗的普遍使用而呈现加速趋势。同时,猪流感病毒和人流感病毒出现在同一类别中,两者的遗传距离较近,这为猪作为病毒重配的载体提供了新的佐证。