利用RAPD分子标记技术对90份辣椒种质资源遗传多样性进行分析,从200个RAPD引物中筛选出10个引物分别对供试材料的DNA进行扩增,共扩增出70个位点,其中多态性谱带38条,多态性程度为54.3%。平均每个引物产生7条多态性谱带,每个引物可扩增出4~9条,谱带大小为100~2 000bp。对RAPD结果进行聚类分析,在D=0.33时,可以将供试的90份辣椒种质聚类为五大类群:第一类有85个种质;第二类有1个种质,是福建沙县的中牛角;第三类仅福建永安的永安黄椒1个种质;第四类有2个种质,分别是亚蔬的小尖椒PBC1752和PBC81;第五类有1个品种,是亚蔬的小线椒PBC932-6-2。品种间的亲缘关系较近,遗传基础较为狭窄。