头颈部鳞癌中TP53基因的调控网络分析

被引：7

作者：

徐明义

郑艳秋

孙娟

胡文良

王亚平

崔晓波

李玲香

机构：

[1] 内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科

来源：

局解手术学杂志 | 2016年 / 25卷 / 12期

关键词：

喉鳞状细胞癌; TP53; 长链非编码RNA; 竞争性内源性RNA;

D O I：

暂无

中图分类号：

R739.91 [头、颈、肩部肿瘤];

学科分类号：

100214 [肿瘤学];

摘要：

目的挖掘隐藏在头颈部鳞癌中抑癌基因TP53表达异常的机制。方法从TCGA数据库中选取279例头颈部鳞癌样本的测序数据,利用cbioportal获得TP53基因在头颈部鳞癌中的表达情况及其对患者生存的影响,并筛选样本中与TP53存在共表达关系的基因。利用String和DAVID数据库,建立TP53的共表达网络并分析网络功能,通过lncRNA2target和Star Base数据库,筛选出能够调控TP53的短链非编码RNA(microRNA),长链非编码RNA(lncRNA)和竞争性内源性RNA(ceRNA),利用Cytoscape软件建立TP53相关基因调控网络。结果 279例头颈部鳞癌样本中共有77%的样本出现TP53表达异常,且TP53表达异常患者的生存率显著低于TP53正常表达的患者。此外,筛选出TP53基因的共表达基因288个,(Spearman分数和Pearson分数>0.3)功能分析结果显示共表达基因的功能主要为转录调控、细胞凋亡、增殖过程和免疫应答等功能。TP53基因调控网络揭示has-miR-186-5p和has-miR-202-3p等43个microRNA能够靶向调控TP53基因;此外,MEG1、TUG1和MALAT1等6个lncRNA,PHC2、FZD4和TUB等56个mRNA能够通过ceRNA作用调控TP53。结论通过生物信息学方法和基因数据库建立的TP53相关基因调控网络揭示可能调控抑癌基因TP53的若干microRNA、lncRNA和ceRNA,可以为头颈部鳞癌中TP53的作用机制和以TP53为靶点的分子治疗提供新的切入点。

引用

页码：863 / 867

页数：5

共 10 条

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