基于OpenMP的Multi-Critical分子动力学并行算法优化

被引：4

作者：

段振华 ^{[1
]}

白明泽 ^{[1
,2
]}

豆育升 ^{[1
,3
]}

机构：

[1] 重庆邮电大学高性能计算与应用研究所

[2] 电子科技大学计算机科学与工程学院

[3] Deptof Physical Sciences,Nicholls State

来源：

计算机应用研究 | 2012年 / 29卷 / 07期

关键词：

分子动力学; 并行计算; 多核处理器; 开放式多处理; 临界区;

D O I：

暂无

中图分类号：

TP338.6 [并行计算机];

学科分类号：

摘要：

为提高分子动力学模拟在多核共享内存式服务器上的运算速度,在现有的分子动力学并行算法基础上提出了Multi-Critical算法。该算法使用手动划分力矩阵的方法,使多个线程进入不同名的临界区,并使用分块叠加的方法优化了并行算法,提高了并行效率。实验结果表明,对比之前的Critical算法,该算法的加速比和并行效率均有较大幅度的提高。

引用

页码：2432 / 2434

页数：3

共 10 条

[1]

分子模拟[M]. 化学工业出版社 , (荷)Frenkel,Smit著, 2002

[2]

Parallelizing a molecu-lar dynamics algorithm on a multiprocessor workstation usingOpenMP. TARMYSHOV K B,MLLER-PLATHE F. Journal of Chemical Information and Modeling . 2005

[3]

Using OpenMP:Portableshared memory parallel programming. CHAPMAN B,JOST G,van der PAS R. . 2007

[4]

并行计算[M]. 高等教育出版社 , 陈国良编著, 1999

[5] 多核并行技术在分子动力学模拟中的应用 [J].