根据现在的了解,能产生有意义含量的廿碳五烯酸(EPA)和廿二碳六烯酸(DHA)的微生物有真菌和藻类。在微生物中,多不饱和脂肪酸的合成通常是以单不饱和脂肪酸、油酸为底物。合成途径中,有两个主要的反应,即碳链的增长和去饱和作用。EPA和DHA的生成通过ω-3代谢途径。微生物脂肪酸构成的质量和数量都受培养基的组分,通气、光照强度、温度和培养时间等环境因素的影响。大多数用于提取鱼油中的EPA的方法也可用于微生物脂质中的EPA的提取。几种方法被提出来生产高含量的EPA和DHA。它们一般是基于下列技术的结合:溶剂提取、尿素包合法、分子蒸馏、分馏、液相色谱法和超临界二氧化碳提取。