焉耆盆地是位于库鲁克塔格、南天山两个褶皱带之间的中、新生代叠合盆地。中生代原型盆地为库鲁克塔格山前的走滑前陆盆地,发育三叠-侏罗系含煤岩系,呈南厚北薄的楔形。新生代为天山山间的挤压断坳盆地,发育一套冲积-河流相的红色碎屑岩系,呈北厚南薄的楔形。盆地内主要发育近东西-北西西向和北北西向两组断裂构造带,前者平行于南北山系,具有压扭-冲断性质,后者为前者压扭性作用下的伴生产物。盆地的构造变形南强北弱,致使侏罗系含油气系统在南、北凹陷具有明显的差异性,成藏南早北晚,破坏南重北轻,油气分布南贫北富。北部凹陷内的北西向二级构造带是油气成藏的最有利区带,与断层相关的背斜圈闭油气充满度高。南部凹陷内变形强度较弱的北西向二级构造带是寻找燕山期原生油气藏的有利区带。南北凹陷之间的种马场叠瓦冲隆带油气藏保存条件较差。