目的对SHZH03株、SHZH98株、亚洲流行株(台湾98年、日本99年、及新加坡2000和2001年流行株等)以及一部分欧洲流行株等的结构蛋白基因进行遗传进化分析。方法在对肠道病毒71型中国(深圳)分离株SHZH03进行全基因组序列测定的基础上,利用DNA-STAR软件对结构蛋白基因进行遗传进化分析。结果SHZH03和SHZH98与亚洲流行株中的台湾98流行株、日本99流行株的遗传距离较近,而与新加坡2000和2001年流行株的遗传距离较远;SHZH03株与一些欧洲流行株有较大的差异。结论我国深圳地区流行的肠道病毒71型有可能来源于台湾1998年EV71大规模流行时的毒株。