程海共有土著鱼类15种,它位于青藏高原横断山区的东缘,云南高原的西北,鱼类区系却独具一格,表现出江河平原鱼类区系的特点,显示程海鱼类区系来自长江的事实。程海自与金沙江隔离之后,湖内存在空白生态灶(niche)是产生物种分化的重要因素,尤以鲤鱼Cyprinus carpio L.的形态,表现出一系列的适应性变异,这些变异发生在近300年内,与处于海拔和纬度较高的甘子河裸鲤Gymnocypris przewalskii ganzihoensis Zhu et Wu形成的时间相比,相对而言是比较快的,然而却慢于金鲫鱼Carassius auratus(L.)通过人工选择而形成金鱼的时间。可见在不同类群和不同条件下,物种分化的进程是有极大的差异。