目的:运用ISSR方法分析巴中、江津、纳溪3个不同产地栀子的亲缘关系及巴中产栀子种质资源的遗传多样性。方法:根据优化的ISSR-PCR反应体系,筛选出12个引物对3个不同产地栀子的DNA进行扩增,并应用NTSYS2.10e软件,对所得数据进行分析处理。得到3个不同产地栀子的遗传相似系数和遗传距离,并绘制出样品相似性的UPGMA聚类图和主坐标分析的二维、三维散点图。结果:巴中30年生栀子群,巴中3年生栀子群,江津栀子群,纳溪栀子群,巴中庭院栽培群亲缘关系较近;但各群体间又存在明显遗传变异。结论:巴中、江津和纳溪产栀子的遗传多样性较明显,种质间存在一定的遗传分化;从基因层面上解释了巴中栀子在药材外观、大小、色泽和有效成分的含量、特征指纹图谱、药效评价指标等诸多方面品质优异的可能性。