一种新的分子二维子结构检索算法

被引：7

作者：

孙婉怡 ^{[1
,2
]}

何险峰 ^{[1
]}

温浩 ^{[1
]}

机构：

[1] 中国科学院过程工程研究所多相复杂系统国家重点实验室

[2] 中国科学院研究生院

来源：

计算机与应用化学 | 2009年 / 26卷 / 12期

关键词：

分子结构检索; VF2; GMA; 偏序;

D O I：

10.16866/j.com.app.chem2009.12.004

中图分类号：

O641.1 [化学键理论];

学科分类号：

摘要：

本文针对分子二维子结构检索问题,比较分析图同构算法中具有代表性的VF2法和GMA法。VF2法的数据结构精巧,能有效降低内存开销,但其在图匹配时没有保存提问结构的偏序,造成大量重复计算,影响匹配效率。GMA法则利用偏序的不变性,预先计算并保存偏序,进而指导图匹配过程。本文将GMA法的偏序行走策略应用于VF2法,保留VF2法的遍历规则和数据结构,用标准C++语言改进的结构检索算法能提供正确的检索结果,效率更高。本文还通过实例说明了VF2法和GMA法各自偏序的计算过程,指出2种算法的图遍历规则的差异。

引用

页码：1539 / 1542

页数：4

共 5 条

[1] 基于VF2算法的分子二维子结构检索 [J].