Bcl-2蛋白与Bak蛋白肽片段复合物的三维结构模建与分析

目的:探讨抗肿瘤药物新靶点Bcl-2蛋白与底物蛋白的相互作用。方法:以同源模建的方法构建Bcl-2蛋白与底物Bak蛋白的肽片段的复合物的三维结构,并对此结构模型的合理性进行验证。比较复合物结构模型中Bcl-2的活性腔与自由状态结构的差异,分析它与底物肽相互作用的重要位点和残基,并计算它与两类抑制剂的分子对接。结果:构建的Bcl-2复合物结构模型合理,通过比较发现模建的结构模型中活性腔特别是α3前后的部位与自由状态有较大的结构变化,蛋白活性腔侧部的一些酸性碱性极性残基及底部的一些疏水残基对于结合底物蛋白并发挥功能非常关键,这些结果与生物学残基突变实验数据得到了较好的相互验证。结论:本研究构建了合理的Bcl-2蛋白与底物Bak蛋白肽片段的复合物的三维结构。