目的了解安徽、湖南、江苏省结核分支杆菌的基因型状况及其分子流行病学规律。方法以结核分枝杆菌插入序列IS6110序列为模板,设计一对特异外向引物,建立一种结核分枝杆菌的快速分子生物学分型方法——IS6110PCR分型方法,进行三省结核病分子流行病学研究。结果根据IS6110PCR指纹图谱,191株安徽、湖南和江苏三省的结核分枝杆菌菌株可被分成6个主要的基因型(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ,Ⅴ和Ⅵ),江苏省的主要基因型为I和V型,安徽省的主要基因型为III型,湖南省的主要基因型为I和II型,V型菌株全部为江苏省菌株,IV型菌株全部为湖南省菌株。结论三省之间结核分支杆菌的基因型存在明显的差异,各自存在着独立的流行菌型,其真实原因有待进一步研究。