玉米混合组织的EST文库的构建和部分EST序列的分析

被引：6

作者：

张洁

焦岳宏

陆海峰

李有志

机构：

[1] 广西大学微生物及植物遗传工程教育部重点实验室

[2] 广西大学微生物及植物遗传工程教育部重点实验室广西生物技术与亚热带生物资源保护和利用重点实验室广西南宁

[3] 广西生物技术与亚热带生物资源保护和利用重点实验室广西南宁

来源：

广西农业生物科学 | 2004年 / 03期

关键词：

玉米; 干旱; 盐碱; 共胁迫; 表达序列标签; 文库;

D O I：

暂无

中图分类号：

S513 [玉米（玉蜀黍）];

学科分类号：

0901 ;

摘要：

以CLONTEECH的pDNR-LIB质粒为载体,构建了干旱和盐碱共胁迫48h和相应的无胁迫正常生长条件下耐旱玉米(ZeamaysL.)YQ7-96品系的雌雄分化期(12片叶龄)的混合组织(叶、茎和花器)EST文库。该文库容量>2×105个克隆,覆盖了预计的玉米基因组5万个基因的4倍以上。随机对3168个克隆中插入的cDNA进行测序,获得有效序列2098条,其中,2002个克隆中的cDNA进行了5'端测序,96个克隆中的cDNA的进行了5'和3'两端测序。结果表明,3'端测序的96个克隆的cDNA都含有polyA尾巴;进一步对这2098条组装分析,形成168个重叠群(Contig)和1693个单拷贝EST(Singlet),代表了共计1861条独立基因(Unigene);根据GenBank中的玉米EST数据库和BLASTn分析软件进行核苷酸同源性分析,1731条(93.01%)EST的score值大于或等于100,130条(6.99%)的EST的score值小于100,说明这130条属于新的表达基因的序列,有21条可以定位在玉米的不同染色体上;BLASTx分析表明,2098条EST中,1007条(48%)有功能注释信息,1091条(52%)无功能注释信息。该文库中的EST将会对公共数据库中现存的玉米EST数据起到补充作用。

引用

页码：243 / 248

页数：6

共 5 条

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