云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒密码子偏性及其聚类分析

被引：6

作者：

田明明

魏雪玲

杨兴

宋秀锋

李光华

刘奇

机构：

[1] 大理大学基础医学院病原生物学综合实验室医学微生物学与免疫学教研室

来源：

中国人兽共患病学报 | 2018年 / 34卷 / 12期

关键词：

冠状病毒; 密码子; 偏性分析; 聚类分析;

D O I：

暂无

中图分类号：

R373.1 [呼吸道传染性病毒];

学科分类号：

摘要：

目的探索云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒(SARSr-CoV)密码子偏性及其与SARS冠状病毒(SARS-CoV)及其他地区SARSr-CoV密码子偏性的进化关系。方法运用Lasergene、EMBOSS、CodonW等生物信息软件,以SARS-CoV为对照,对云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋白的编码序列进行密码子偏性分析,并基于此与不同时期报道的SARSr-CoV及SARS-CoV进行聚类分析。结果 11株云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋白有效密码子数目均接近61,密码子偏性较弱;各蛋白偏性的密码子有差异,但均以A、U结尾的密码子为主。ENC-Plot、中性绘图分析与PR2规则分析均提示新现蝙蝠SARSrCoV在进化过程中主要受到自然选择因素的影响。基于密码子偏性的聚类分析发现,部分云南蝙蝠SARSr-CoV与SARSCoV关系极为密切。同时,其他云南SARSr-CoV分散聚类于其他地区的SARSr-CoV中。结论新报道的蝙蝠SARSr-CoV的密码子偏性与SARS-CoV相似度较高,在进化过程中主要受到自然选择因素的影响,跨种传播至人的风险较高。

引用

页码：1079 / 1086

页数：8

共 5 条

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