基于棉花参比种质的SSR多态性核心引物筛选

棉花品种间遗传多样性的评价和遗传图谱构建都需要大量多态性的SSR标记。本研究通过构建棉花参比种质(panel),高效快速地筛选出棉花多态性核心引物。本实验选用12份表型性状和遗传差异较大的棉花种质作为参比种质,对来自Cotton Microsatellite Database(CMD)网站上(http://www.cottonssr.org)的5,914对棉花SSR引物进行了PCR扩增。结果表明:在不同棉种间多态性的引物有4,800对,约占有效扩增引物(5,300对)的90.6%;能区分不同品种间差异的引物大约有500对,占有效扩增引物的9.4%。我们推荐其中319对扩增效果好、条带清晰的引物作为棉花种质资源鉴定和分子指纹分析的核心引物,其中277对能把陆地棉品种间的差异鉴别出来。此外,我们还找到了在陆地棉、海岛棉及亚洲棉三大栽培棉中都有差异的13对共同SSR引物,建议作为分子指纹分析和种质鉴定的首选引物。本研究公开了319对核心SSR引物及其多态性信息,有利于规范引物筛选程序、提高引物筛选效率,对棉花种质资源的遗传多样性分析、指纹图谱构建,以及种子真伪性和纯度的鉴定等都具有现实意义。