基因芯片对骨肉瘤发病相关基因的筛查

目的:筛查骨肉瘤发病相关的基因,探讨其对于骨肉瘤发病的意义。方法:采用3个骨肉瘤细胞株（MG-63、Saos-2、U-2OS）及1个成骨细胞株（Hfobl.19）,提取总RNA,合成生物素标记的cRNA,与Affymetrix?GeneChip?U133A芯片杂交,筛查骨肉瘤细胞差异表达≥2.0倍的基因。挑选其中10个差异表达基因,分别设计合成引物,用嵌合荧光(SYBR? GreenⅠ)实时PCR法定量检测9例新鲜骨肉瘤标本中该10个基因的表达水平,应用ABI Prism 7 000分析其与成骨细胞株之间的表达差异。结果:在芯片包含的所有基因（约22 000个转录本）中,3个骨肉瘤细胞株与成骨细胞株相比较,共同上调58个基因,共同下调142个基因;这些差异表达基因主要包括能量和物质代谢基因、癌基因、信号转导基因、转录相关基因、细胞周期基因、细胞凋亡基因、免疫反应基因、抑癌基因等。在200个差异表达基因中挑选10个差异表达基因,利用实时RT- PCR检测9例骨肉瘤组织标本中该10种基因的表达结果与芯片结果完全相符。结论:骨肉瘤是一种多基因病变,应用基因芯片可以发现该肿瘤发病相关的基因,为深入探讨骨肉瘤的基因机制奠定基础。