基于神经氨酸酶结构的流感病毒抑制剂的计算机辅助药物设计

被引：4

作者：

刘磊 ^{[1
]}

马英 ^{[1
]}

王润玲 ^{[1
]}

王树青 ^{[1
]}

徐为人 ^{[2
]}

机构：

[1] 天津医科大学药学院天津市临床药物关键技术重点实验室

[2] 天津药物研究院天津市新药设计与发现重点实验室

来源：

天津医科大学学报 | 2013年 / 03期

基金：

中国博士后科学基金;

关键词：

神经氨酸酶; 流感病毒; 计算机辅助药物设计; 达菲; 150-cavity;

D O I：

暂无

中图分类号：

R914.2 [药物设计];

学科分类号：

100705 [微生物与生化药学];

摘要：

目的:虚拟筛选更高活性的神经氨酸酶(NA)抑制剂,提高抵抗变异病毒的能力,为以后相关疾病治疗新药的设计提供科学依据。方法:利用Schrodinger Suite2009中的Glide模块对Leadnow数据库进行高通量虚拟筛选,对选出的结构用"Core Hop-ping"模块改造结构;利用Desmond2.4软件包进行分子动力学模拟研究,将NA的空载蛋白及靶点与筛选结果较好的配体小分子复合物共3个模型分别进行10 ns的分子动力学模拟。结果:高通量虚拟筛选得到一个五元环结构的化合物ZINC13219479,并以此为核心向150-cavity延伸,得到8个能很好进入的结构。建立了靶向这些位点的配体库,方便后续有关研究的进行。分子动力学结果表明模拟过程中各靶点与配体复合物体系稳定,结合位点正确。作为抑制剂,小分子配体与NA酶的150-cavity区域残基形成稳定的氢键作用,牢牢占据NA的催化位点。结论:通过计算机辅助设计得到的小分子与NA的结合能力理论上优于抑制剂达菲。在动力学模拟这些化合物后,更加确定了这些化合物的有效性,具有一定的科研价值。

引用

页码：192 / 195

页数：4

共 5 条

[1]

共表达H5亚型禽流感病毒HA和NA基因的重组鸡痘病毒及其免疫效力 [J].

陈素娟 ;

孙蕾 ;

刘武杰 ;

孙学辉 ;

刘秀梵 .

微生物学报, 2006, (01) :111-114

[2]

The 2009 pandemic H1N1 virus induces anti-neuraminidase (NA) antibodies that cross-react with the NA of H5N1 viruses in ferrets[J] Zhongying Chen;Lomi Kim;Kanta Subbarao;Hong Jin Vaccine 2012,

[3]

Potential drug-like inhibitors of Group 1 influenza neuraminidase identified through computer-aided drug design[J] Jacob D. Durrant;J. Andrew McCammon Computational Biology and Chemistry 2010,

[4]

Rational design of Tamiflu derivatives targeting at the open conformation of neuraminidase subtype 1[J] Yan Li;Bingcheng Zhou;Renxiao Wang Journal of Molecular Graphics and Modelling 2009,

[5]

Analogue inhibitors by modifying oseltamivir based on the crystal neuraminidase structure for treating drug-resistant H5N1 virus[J] Qi-Shi Du;Shu-Qing Wang;Kuo-Chen Chou Biochemical and Biophysical Research Communications 2007,

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