甜菜EST-SSR引物的开发与应用

被引：16

作者：

史树德 ^{[1
]}

魏磊 ^{[1
]}

张子义 ^{[2
]}

邵金旺 ^{[3
]}

田自华 ^{[1
]}

机构：

[1] 内蒙古农业大学农学院

[2] 内蒙古农业大学生命科学院

[3] 内蒙古农业大学甜菜生理研究所

来源：

中国糖料 | 2011年 / 03期

关键词：

甜菜; 微卫星; 表达序列标签; 遗传多样性;

D O I：

暂无

中图分类号：

S566.3 [甜菜（甜萝卜）];

学科分类号：

090302 [植物营养学];

摘要：

利用NCBI公共数据库现有的甜菜(Beta vulgaris L.)表达序列标签(expressed sequence tags,EST)数据信息,开发了甜菜EST-SSR标记。在所有的29830条甜菜EST序列中共确认得到20109条非冗余EST序列,总长为11287.6kb。在含有微卫星重复的6951条EST序列中按照SSR引物设计要求,最终获得了2845个EST-SSR,平均每3.96 kb含有1个SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,A/T单碱基重复最多,其次是AAG/CTT三核苷酸重复,AG/CT二核苷酸重复,ACCTCC/AGGTGG等六核苷酸重复最少。随机合成了100对SSR引物,并分别选用6个甜菜品种进行多态性检验,将其按遗传相似性分为两组,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)平均值为0.47。本研究证实这种全新的开发甜菜SSR标记的方法具有高效、多态性较高的特点,在甜菜遗传多样性分析、功能基因定位、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景。

引用

页码：1 / 5

页数：5

共 25 条

[1]

适于甜菜遗传多样性分析的SSR引物筛选 [J].

赵尚敏 ;

白晨 ;

张惠忠 ;

牛素清 ;

李晓东 ;

付增娟 ;

轩继雨 ;

李树生 .

中国糖料, 2009, (04) :6-8

[2]

芝麻EST-SSR标记的开发和初步研究 [J].

魏利斌 ;

张海洋 ;

郑永战 ;

郭旺珍 ;

张天真 .

作物学报, 2008, 34 (12) :2077-2084

[3]

甜菜ISSR-PCR反应体系的优化 [J].

付增娟 ;

史树德 ;

张少英 ;

白晨 ;

张惠忠 .

中国糖料, 2008, (04) :7-9+13

[4]

利用SRAP与SSR标记分析不同类型甜菜的遗传多样性 [J].

王华忠 ;

吴则东 ;

王晓武 ;

方智远 .

作物学报, 2008, (01) :37-46

[5]

海岛棉EST-SSR引物的开发与应用研究 [J].

张艳欣 ;

林忠旭 ;

李武 ;

涂礼莉 ;

聂以春 ;

张献龙 .

科学通报, 2007, (15) :1779-1787

[6]

小麦SSR标记的发展及应用 [J].

朱振东 ;

贾继增 .

遗传, 2003, (03) :355-360

[7]

大熊猫微卫星DNA的筛选及其应用 [J].

张亚平 ;

王文 ;

宿兵 ;

范志勇 ;

张和民 ;

何廷美 .

动物学研究, 1995, (04)

[8]

甜菜多倍体品种和亲本的生物学特性及其系统发育关系的研究 [D].

路运才 .

中国农业科学院,

2001

[9]

A new RAPD marker for <Emphasis Type="Italic">beet necrotic yellow vein virus</Emphasis> resistance gene in <Emphasis Type="Italic">Beta vulgaris</Emphasis>.[J].R. Amiri;M. Mesbah;M. Moghaddam;M. R. Bihamta;S. A. Mohammadi;P. Norouzi.Biologia Plantarum.2009, 1

[10]

An anchored linkage map for sugar beet based on AFLP, SNP and RAPD markers and QTL mapping of a new source of resistance to Beet necrotic yellow vein virus [J].

Grimmer, M. K. ;

Trybush, S. ;

Hanley, S. ;

Francis, S. A. ;

Karp, A. ;

Asher, M. J. C. .

THEORETICAL AND APPLIED GENETICS, 2007, 114 (07) :1151-1160

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