基于量子化学的蛋白质分子场计算

被引：1

作者：

张繁 ^{[1
]}

彭群生 ^{[1
]}

胡敏 ^{[1
]}

吴韬 ^{[2
]}

机构：

[1] 浙江大学CAD&CG国家重点实验室

[2] 浙江大学材料与化学工程学院

来源：

计算机辅助设计与图形学学报 | 2008年 / 09期

基金：

国家自然科学基金重点项目;

关键词：

氨基酸残基; 分而治之; 并行计算; 分子场;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q51 [蛋白质];

学科分类号：

071010 ; 081704 ;

摘要：

蛋白质结构与功能之间的关系非常密切,蛋白质分子体系中的各种相互作用力在空间叠加形成一个综合性作用(分子场),对揭示蛋白质结构与功能之间的内在关系具有重要意义.提出了基于线性标度量子化学理论的蛋白质分子场快速计算方法,利用分而治之的思想,根据氨基酸残基把一个蛋白质大分子分解成若干片段,然后对每个片段单独计算,最后对各片段的重要区域在空间网格点上进行拼接,获得完整的三维分子场数据;为了提高计算速度,还提出了基于MPICH模型的并行计算方法.实验结果证明,文中方法能实现复杂蛋白质分子的分子场的高效、高精度计算.

引用

页码：1238 / 1245

页数：8

共 5 条

[1] 基于PC集群系统的MPICH大规模并行计算实现与应用研究 [J].

刘信安 ;

李佳 .

计算机与应用化学, 2003, (05) :577-582

[2] 生物大分子体系量子化学计算方法新进展 [J].

朱维良 ;

蒋华良 ;

陈凯先 ;

嵇汝运 ;

曹阳 .

化学进展, 1999, (04) :367-375

[3]

VMD: Visual molecular dynamics[J] . William Humphrey,Andrew Dalke,Klaus Schulten.Journal of Molecular Graphics . 1996 (1)

[4]

Quantitative structure-activity relationships of light-dependent herbicidal4-pyridone-3-carboxanilides III.3-D (comparative molecular field)analysis including light-dependent diphenyl ether herbicides .2 Osabe H,Morishi ma Y,Goto Y. Pesticide Science . 1992

[5]

First-Principles Theory for the H + CH4 H2 + CH3 Reaction .2 Tao Wu,Hans-Joachim Werner,Uwe Manthe. Science . 2004

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