应用变性梯度凝胶电泳和16SrDNA序列分析对山羊瘤胃细菌多样性的研究

被引：141

作者：

姚文

朱伟云

韩正康

Antoon D L Akkermans

Barbara Williams

Seerp Tamminga

不详

机构：

[1] 南京农业大学消化道微生物研究室

[2] 瓦赫宁根农业大学微生物系

[3] 瓦赫宁根农业大学动物系动物营养研究室

[4] 瓦赫宁根农业大学动物系动物营养研究室南京

[5] 荷兰

[6] 南京

来源：

中国农业科学 | 2004年 / 09期

基金：

国家杰出青年科学基金;

关键词：

山羊瘤胃细菌; 遗传多样性; PCR; 变性梯度凝胶电泳(DGGE); 16SrDNA;

D O I：

暂无

中图分类号：

S852.2 [家畜生理学、生物物理学、生物化学];

学科分类号：

090507 [智慧养殖与动物生产学];

摘要：

以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列,并与现有的数据库进行了比较.结果表明,饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%～55%);饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成,DGGE 谱带变化程度分别为 1 号 36% 、2 号 46% 、3 号 30%。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有5个基因序列与基因数据库登录的相关序列的相似性大于97%,8个基因序列的相似性在90%～96%,余下的低于90%。相似性大于97%的5个克隆中,只有1个被鉴定为Prevotella sp .,其余 4 个都属于未被鉴定的瘤胃细菌。

引用

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