求解两物种小系统发育问题的遗传算法题

被引：2

作者：

吴璟莉

王军伟

胡资鹏

机构：

[1] 广西师范大学计算机科学与信息工程学院

[2] 广西师范大学广西多源信息挖掘与安全重点实验室

来源：

高技术通讯 | 2015年 / 25卷 / 03期

关键词：

复制; 丢失; 两物种小系统发育问题; 序列对比; 遗传算法;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q811.4 [生物信息论]; TP18 [人工智能理论];

学科分类号：

090609 [兽医生物信息学]; 140502 [人工智能];

摘要：

基于复制-丢失比对(DLA)问题模型,研究了复制-丢失(D-L)演化模型下两物种(2-species)小系统发育问题(SPP),缩写为2-SPP-DL问题。通过引入比对算法、标记算法及3种智能变异算子,提出了求解2-SPP-DL问题的遗传算法——G2SP算法。G2SP算法采用普通算子和智能算子相结合的方式,普通算子能有效地保持种群的多样性,而智能算子则能提高种群的收敛性,使其更快地进化到最优解区域。利用4种真实菌属的tRNA和rRNA基因数据对算法性能进行测试,实验结果表明,G2SP算法能够获得较PBLP算法更小的进化代价,是求解2-SPP-DL问题的一种有效方法。

引用

页码：219 / 227

页数：9

共 3 条

[1]

Rates and patterns of gene duplication and loss in the human genome [J].