蛋白质相互作用网络的蜂群信息流聚类模型与算法

被引：38

作者：

雷秀娟

田建芳

机构：

[1] 陕西师范大学计算机科学学院

来源：

计算机学报 | 2012年 / 35卷 / 01期

关键词：

信息流; 蜂群算法; 聚类; 蛋白质相互作用网络;

D O I：

暂无

中图分类号：

TP301.6 [算法理论];

学科分类号：

080201 [机械制造及其自动化];

摘要：

蛋白质相互作用网络的聚类算法研究是充分理解分子的结构、功能及识别蛋白质的功能模块的重要方法.很多传统聚类算法对于蛋白质相互作用网络聚类效果不佳.功能流模拟算法是一种新型聚类算法,但该算法没有考虑到距离的作用效果并且需要人为地设置合并阈值,带有主观性.文中提出了一种新颖的基于蜂群优化机理的信息流聚类模型与算法.该方法中,数据预处理采用结点网络综合特征值的排序来初始化聚类中心,将蜂群算法的蜜源位置对应于其聚类中心,蜜源的收益度大小对应于模块间的相似度,采蜜蜂结点的所有邻接点按照结点网络综合特征值的降序排列,作为侦察蜂的搜索邻域.采用正确率、查全率等指标对聚类效果做出客观评价,并对算法的一些关键参数进行仿真、对比与分析.结果表明新算法不仅克服了原功能流模拟算法的缺点,且其正确率和查全率的几何平均值最高,能够有效地识别蛋白质功能模块.

引用

页码：134 / 145

页数：12

共 3 条

[1]

蛋白质相互作用网络的几种聚类方法综述 [J].

王正华 ;

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王勇献 .

国防科技大学学报, 2009, 31 (04) :81-86

[2]

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