胶质瘤恶性进展相关基因的生物信息学分析

背景与目的:利用基因芯片技术和生物信息学分析基因在系统水平的调控机制,是当前功能基因组学的重要研究手段,它明显优于过去的单一基因研究模式,可以在整体的、基因组的水平对基因的表达调控网络机制,进行系统、全面地分析。本研究利用生物信息学技术对我们建立的胶质瘤恶性进展相关基因表达谱作系统的聚类分析,并对候选基因作初步的数据库检索,目的在于筛选与肿瘤恶性进展相关的基因,为进一步克隆其全长及研究其功能提供依据。方法:首先对基因表达谱做聚类分析,在数据分析时我们取双点之间的变异系数<0.33的数据进行分析,以便尽量减少实验误差。又取至少3组比值差异均在2倍以上、双点之间变异系数<0.33的基因,据此从16363个基因数据中筛选出368个做聚类分析。进而选取在3份肿瘤样品中基因表达呈现逐步升高的11条基因和逐步降低的6条基因,进一步做生物信息学数据库的检索,去分析它们对应的结构和功能。结果:得到了两大类基因。第一类都是从WHOⅡ级、WHOⅢ级、WHOIV级胶质瘤中表达逐步升高,有11条;另一大类则相反,是表达逐步递减的,有6条。生物信息学分析从中找到3条基因X55987(EDN,嗜酸细胞来源的神经毒素)、AB011097(ARTS-1,肿瘤坏死因子受体调节因子-1)和M85085(CStF,剪切刺激因子)可能是胶质瘤恶性