O型口蹄疫病毒VP1基因区序列系统发育树分型

被引：2

作者：

相磊 ^{[1
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章振华 ^{[2
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胡国良 ^{[1
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陈小玲 ^{[2
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梁之昶 ^{[3
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徐福洲 ^{[2
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石岗 ^{[2
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机构：

[1] 江西农业大学动物科技学院

[2] 北京市农林科学院畜牧兽医研究所

[3] 新疆农业大学动物科技学院

来源：

动物医学进展 | 2007年 / 03期

基金：

北京市自然科学基金;

关键词：

O型口蹄疫病毒; 基因型/拓扑型; 系统发育树; VP1基因;

D O I：

10.16437/j.cnki.1007-5038.2007.03.003

中图分类号：

S852.65 [家畜病毒学];

学科分类号：

摘要：

从GenBank和世界口蹄疫参考实验室基因库(WRLFMD)下载O型FMDV全VP1序列共210条,其中23条为已知基因型序列,其他为未知基因型序列。利用分子生物学软件DNA Star中的Clust-alW和Tree View工具,以已知基因型的VP1区序列构建系统发育树,验证分型结果与已知基因型是否一致。然后以已知基因型序列作为参照,将未知基因型序列与已知基因型序列一起构建系统发育树,以已知基因型序列在系统发育树中所处的位置,来判断未知基因型序列的归属,从而明确它们归属于何种基因型。结果表明,采用此种分型方法获得Cathay型74条、SEA型24条、EA型4条、WA型4条、Euro-SA型21条、ME-SA型68条、ISA-1型3条、ISA-2型2条,未能分型序列10条。

引用

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页数：6

共 6 条

[1] 丙型肝炎病毒基因分型的研究进展 [J].