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基于水稻基因组序列SSR的多态性分析
被引：9
作者：
陈仲中
汪旭升
朱军
机构：
[1] 浙江大学生物信息学研究所,浙江大学生物信息学研究所,浙江大学生物信息学研究所浙江杭州,浙江杭州,浙江杭州
来源：
关键词：
简单重复序列;
水稻;
多态性;
D O I：
10.16819/j.1001-7216.2005.04.003
中图分类号：
S511 [稻];
学科分类号：
0901 ;
摘要：
根据Monsanto公司所发布的6655个序列[由简单重复序列(SSR)及其两翼各100个碱基组成],通过生物信息学的方法,找到了在籼稻(Oryzasativasubsp.indica)品种93-11与粳稻(Oryzasativasubsp.japonica)品种日本晴的基因组序列中匹配最好的1453个同源位点。在这些位点中,93-11和日本晴中分别搜索到了1449个和1451个SSR。通过对SSR的分类比较,发现在93-11和日本晴的相同位点存在1175个具有相同基序的SSR,其中371个具有相同的基序和重复个数,804个具有相同的基序但重复次数有差异。具有相同基序但重复次数有差异的SSR类型中,频率最高的是2个核苷酸的重复子,占62.94%,基序为5个和6个核苷酸的SSR则较少。对水稻这两个品种相应区域SSR的多态性比较分析,揭示了用这些特定类型的SSR可以在这两个品种的特定区域发展新的SSR标记,并为研究这两个品种之间遗传变异、基因组功能之间的差异等提供依据。
引用
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页码：303 / 307
页数：5
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