水稻线粒体丝氨酸羟甲基转移酶基因的电子克隆

采用基于EST的电子克隆方法得到了一段长 16 11bp的cDNA序列 ,以此为信息探针搜索HTGs数据库 ,找到一个与之高度匹配的基因组DNA序列———OSJNBa0 0 5 7G0 7克隆。用FGENESH分析该克隆中的联配区域得到一个包含 14个外显子和 13个内含子的基因。该基因位于水稻第 3染色体物理图谱的 136 .0～ 137.6cM区域。推导的ORF编码 4 98个氨基酸 ,经BLASTP搜索SWISS -PROT数据库和蛋白序列的亚细胞定位显示 ,该基因编码水稻的线粒体丝氨酸羟甲基转移酶 (mSHMT)。该基因受到EST序列的完全支持 ,其中不乏来自盐胁迫、稻瘟病菌侵染等逆境处理的EST序列 ,推测该基因与水稻对逆境的应答反应有关。