本文从制度层面来分析“三农”问题产生的根源。本着制度内生于经济生产关系中,并对一个产业的发展及利益分配格局的形成有着非常重大的影响的制度经济学思想,认为二元户籍制度及由此带来的二元经济结构是形成“三农”问题的本质性根源,而使农民回复到小农经济的生存状态的联产承包责任制是其产生的经济根源,在此基础上进一步认为,我国几十年来的偏向城市的财税体制使得农村成为了过度“输血者”,而金融机制和社会保障制度在农村的残缺使农业和农村的发展缺少了强有力的外围支撑,从而得出我国“三农”问题是根源于缺乏社会公平和经济理性的制度的结论。