修饰回交育种法是将杂种品系间杂交和回交方法结合起来,用于棉花多个优良性状聚合的育种改良方法。随着分子标记技术日益完善地用于育种的选择中,提出了分子标记辅助选择的修饰回交聚合育种方法。它以生产上推广或即将推广的品种为轮回亲本,将修饰回交育种法和分子标记辅助选择育种相结合,同时对轮回亲本的遗传背景和具有育种目标性状的基因或QTL进行选择,从而可显著提高育种效率。利用这一方法,以长江流域推广品种泗棉3号为轮回亲本,山西9424和7235品系分别为抗虫基因和优质QTL的供体亲本,进行分子标记辅助的优质QTL系统选择和外源Bt基因的表型及分子选择。在(泗棉3号×7235)BC1F4中获得遗传背景与泗棉3号相近,株型稳定,且具有优质QTL的高强株系,在(泗棉3号×转Bt品系9424)BC4F1中获得遗传背景与泗棉3号相近,抗棉铃虫效果明显的单株。进一步通过高世代优质和抗虫目标株系的互交,分子标记辅助目标性状选择,目标基因纯合及稳定性检测,使高强纤维QTL和Bt基因快速聚合,培育出了优质、高产的抗虫棉新品系南农85188。