一个疾病相关基因表达数据库——OUGene(英文)

被引：11

作者：

潘小勇 ^{[1
,2
]}

沈红斌 ^{[3
]}

机构：

[1] Section for Animal Genetics, Bioinformatics and Breeding,Center for Non-Coding RNA in Technology and Health,University of Copenhagen

[2] Department of Disease Systems Biology, Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, University of Copenhagen

[3] Institute of Image Processing and Pattern Recognition, Shanghai Jiao Tong University, and Key Laboratory of System Control and Information Processing, Ministry of Education of China

来源：

Science Bulletin | 2016年 / 61卷 / 10期

关键词：

D O I：

暂无

中图分类号：

R346 [];

学科分类号：

摘要：

本研究结合文档挖掘和公开的数据库创建了针对基因过表达和欠表达导致疾病的数据库——OUGene.此系统可针对相应的关联关系进行质量控制和评分,并提供关联关系的网络可视化.OUGene主要有以下5个过程:(1)从PUBMED下载与基因过表达和欠表达的文章摘要;(2)创建疾病和基因词典,然后基于词典使用模糊匹配找出该摘要所包含的疾病,并使用Geniatagger自动识别摘要的基因实体名;(3)根据规则找出与疾病相关的过表达或欠表达基因,并整合一些领域内公开数据库;(4)针对所挖掘出的相互关联,结合定义的特征使用回归方法对它们进行评分;(5)创建在线网站供其他学术研究人员免费使用.

引用

页码：752 / 754+743 +743

页数：4

共 4 条

[1]

Gene Overexpression: Uses, Mechanisms, and Interpretation [J].