Particle-Mesh Ewald(PME)算法的GPU加速

被引：6

作者：

徐骥 ^{[1
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葛蔚 ^{[1
]}

任瑛 ^{[1
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]}

李静海 ^{[1
]}

机构：

[1] 中国科学院过程工程研究所多相反应实验室

[2] 中国科学院研究生院

来源：

计算物理 | 2010年 / 27卷 / 04期

关键词：

PME(Particle-Mesh Ewald)加速; GPU(Graphic Processing Unit图形处理单元); CUDA(Compute Unified Device Architecture计算统一设备架构);

D O I：

10.19596/j.cnki.1001-246x.2010.04.009

中图分类号：

O561 [分子物理学];

学科分类号：

070203 ; 1406 ;

摘要：

讨论在NVIDIACUDA开发环境下,用GPU加速分子动力学模拟中静电作用的长程受力计算部分.采用Particle-Mesh Ewald(PME)方法,将其分解为参数确定、点电荷网格离散、离散网格的傅立叶变换、静电热能求解与静电力求解5个部分,并分别分析各部分的GPU实现.此方法已成功用于7个不同大小的生物分子体系的模拟计算,达到了7倍左右的加速.该程序可耦合到现有分子动力学模拟软件中,或作为进一步开发的GPU分子动力学程序的一部分,显著加速传统分子动力学程序.

引用

页码：548 / 554

页数：7

共 5 条

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