利用Topsis方法测度中国31个省份1998-2011年的农业科研机构创新水平,考察并预测了财政科技投入与农业科研机构创新的短期及长期动态关系。结果表明:财政科技投入对农业科研机构创新的长期弹性为0.67,短期弹性为0.55,当短期贡献偏离长期均衡时,误差修正将以42.7%的力度使其回至长期均衡状态;财政科技投入与农业科研机构创新之间呈现出互为因果的关系,即增加财政科技投入能推动农业科研机构创新,同时创新水平越高的农业科研机构能获得越多的财政科技投入;从短期波动来看,农业科研机构创新对财政科技投入增长的正向冲击较小,贡献仅为2.7%;而财政科技投入对农业科研机构创新的提升则具有显著的正向作用,贡献达47.8%,且东、中、西区域变量之间的贡献度存在差异。由于农业科研机构创新对财政科技投入的贡献较小,创新水平高的省份和创新水平低的省份获得财政科技投入的差距不大,这显然不利于激励各省农业科研机构创新。实现"高创新吸引高财政科技投入"的科研体制,利于有效激发科研机构创新的积极性。