20052006年三亚鹿回头珊瑚礁现状调查共记录石珊瑚13科24属69种,礁坪以滨珊瑚占绝对优势(重要值百分比>50%),礁坡以鹿角珊瑚最占优势(28.33%),Pielou、Simpson和Shannon-Wiener多样性指数值均高于礁坪。对比历史资料发现近50 a来该岸段珊瑚礁呈衰退趋势:上世纪五六十年代该岸段珊瑚种类繁多、群落垂直分带,生物多样性较高;20世纪七八十年代礁坪已不见成片的活珊瑚,礁坡繁茂程度降低;20世纪90年代珊瑚种类虽仍比较丰富,但总体多样性下降;本次研究显示澄黄滨珊瑚已成为礁坪优势种,鹿角珊瑚在礁坡的优势度降低,物种多样性继续缩减。过度捕捞、大规模挖礁、海上和沿岸养殖等人类活动是造成该岸段珊瑚礁现有衰退的主要原因,三亚河和近海工程建设带来的泥沙和污染物以及正向鹿回头扩展的潜水旅游可能是影响其发展的潜在威胁。