提出化学指纹图谱相似性测度概念 ,并以峰数弹性、峰比例同态性和峰面积同态性为评价指标 ,用于多角度评价化学指纹图谱相似性测度优劣 ,根据这些评价指标 ,用计算机仿真方法研究比较了 6种相似性测度 ,结果表明夹角余弦测度用于度量指纹图谱间谱峰比例的波动较适宜 ,峰匹配测度可较灵敏地检测小峰个数波动 ,而欧氏距离测度则具有较好的综合评价能力 .最后 ,采用实测的参麦注射液色谱分析谱图 ,研究考察了上述计算机仿真实验结果 ,证明仿真结果符合实际情况 ,这表明本研究方法可用于评价化学指纹图谱相似性测度 .