高粱EST-SSR标记的建立及其在苏丹草中的应用初探

从NCBI中下载了202 325条高粱Sorghumbicolor EST序列。去除低质量和冗余的序列后,在5 661条高粱EST中共发掘出了6 663个SSR位点,出现频率是20.19%,平均分布频率是1/3.93 kb。在5 197条EST序列中,共有3 446条序列能够设计引物,占总数的66.3%。在高粱EST-SSR中,三核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元是GGC/GCC。在3 446对高粱EST-SSR引物中,随机选择了20对引物进行了合成。以苏丹草Sorghumsudanense722和高粱Sorghumbicolor TX623A为模板,用这20对引物进行PCR扩增,结果全部可以扩增出条带,可用率为100%,有差异的有4对,多态性比率为20%。研究结果证明了根据高粱EST建立SSR标记是有效、可行的。