在氮素限制供应条件下,籼稻品种IR42与广亲合粳稻品种Palawan剑叶及下位叶的平均叶绿素含量差异显著。叶绿素含量在Palawan/IR42杂交F2代中呈正态分布。104个分布与12条染色体的RFLP标记基因型之间表型平均值方差分析与区间作图分析结果表明,分别位于染色体2、4、7上的3个QTL位于RZ58/RG102、RG143/RG329和RG634/RG650之间。与RG143及RG102连锁的QTL具有显著加性效应,与RG102连锁的QTL显示显著的显性效应。单个QTL效应对群体变异贡献为5%以上。各标记位点不同基因型平均数比较表明,RG143和RG102位点表现为隐性基因效应,IR42与Palawan基因型平均数差异显著超过群体平均数10%以上,RG634位点IR42与杂合基因型之间平均数差异也超过群体平均数10%以上。非等位基因互作效应分析表明,染色体10与9上的RZ625与RG667位点之间具有显著的显性×显性交互效应,该效应可解释群体变异的7%以上。本研究首次报道水稻不同基因型在氮素限制供应条件下与叶绿素含量变异相关的数量性状位点(QTLs)及基因效应分析,用不同的研究材料及在不同的氮素条件